Tháng 12/1949, Bộ Y tế có quyết định cử y sĩ Lê Văn Cơ – Phó Giám đốc Sở Y tế Liên khu I giữ chức Trưởng ty Y tế Cao Bằng, để giúp việc cho y sĩ Lê Văn Cơ, Sở Y tế Liên khu I đã có quyết định cử bà Lê Thị Nga – thư ký (cán sự bậc 4) và ông Nguyễn Quang Anh, nhân viên (khi này còn gọi là tá dịch) công tác tại Sở Y tế Liên khu I đến công tác tại tại Ty Y tế Cao Bằng để phục vụ, giúp việc cho y sĩ Lê Văn Cơ. Trước đó, tháng 11/1949, Sở Y tế Liên khu I đã có quyết định cử ông Trần Văn Chính là thư ký Văn phòng Ty Y tế Phúc Yên đến công tác tại Ty Y tế Cao Bằng. Qua các tài liệu hiện nay Sở Y tế Cao Bằng có được, bà Lê Thị Nga, ông Trần Văn Chính và ông Nguyễn Quang Anh là trong số những người làm nhiệm vụ công tác văn phòng đầu tiên ở Ty Y tế Cao Bằng.

Báo cáo tình hình y tế đầu 3 tháng đầu năm 1950 của Ty Y tế Cao Bằng cho biết, để chấn chỉnh tổ chức lại bộ máy, ngày 10/01/1950, Ty Y tế đã họp toàn tỉnh, cuộc họp có mời đại biểu các cơ quan, đoàn thể liên quan đến dự. Sau đó ngày 12/01/1950, đã họp các nhân viên Ty Y tế và Bệnh viện tỉnh để phân công nhiệm vụ trong đó có bàn việc kiện toàn Văn phòng Ty Y tế; khi này Văn phòng Ty Y tế có 02 cán sự hành chính và 02 người làm nhiệm vụ giúp việc (tá dịch). Đến năm 1951, Văn phòng Ty Y tế chỉ còn ông Trần Văn Chính là nhân viên hành chính (số lượng người làm nhiệm vụ văn phòng ở Văn phòng Ty Y tế giảm có lẽ do cuối năm 1950 y sĩ Lê Văn Cơ trở lại nhận nhiệm vụ mới tại Sở Y tế Liên khu I nên những người được Sở Y tế Liên khu I cử lên Ty Y tế Cao Bằng để giúp việc cho y sĩ Lê Văn Cơ cũng trở về Sở Y tế Liên khu I).

Ngày 31/7/1952, Bộ Y tế có Thông tư số 11-ZYO-TT-3 về tổ chức ngành y tế, theo đó tổ chức ngành y tế khi này có cơ quan y tế Trung ương cơ quan y tế địa phương; theo đó, đối với ty y tế tỉnh do Ủy ban kháng chiến hành chính tỉnh lãnh đạo, khu y tế chỉ đạo về chuyên môn kỹ thuật (lúc này còn gọi là điều khiển); ty y tế do một trưởng ty lãnh đạo, tỉnh lớn có thể có một phó trưởng ty; tổ chức ty y tế tỉnh gồm văn phòng ty, ban y tế dân công, nhà thương tỉnh, nhà hộ sinh tỉnh, lớp cán bộ y tế xã, lớp cán bộ hộ sinh xã, phòng bào chế. Đây có lẽ là văn bản quy định khá rõ về tổ chức của ty y tế được Bộ Y tế ban hành sau Cách mạng Tháng Tám 1945. Tên gọi Văn phòng Ty Y tế thời kỳ này cần được hiểu theo nghĩa rộng, bao gồm lãnh đạo Ty Y tế và những người làm công tác chuyên môn, nghiệp vụ của Ty Y tế ở tỉnh chứ không phải gọi Văn phòng Ty Y tế là chỉ nói đến công tác hành chính, văn thư, văn phòng của Ty Y tế. Như vậy, các hoạt động tại Văn phòng Ty Y tế, trong đó có công tác hành chính, quản trị lúc này chịu sự chỉ đạo trực tiếp từ lãnh đạo Ty (Trưởng ty, Phó Trưởng ty).

Báo cáo công tác y tế năm 1952 cho biết khi này Ty Y tế Cao Bằng có: Văn phòng Ty Y tế (gồm cả phòng pha thuốc và phòng nhân viên thường trực ở), 01 bệnh viện, 01 phòng khám và phát thuốc, 01 kho thuốc, 01 nhà hộ sinh; còn ở tuyến huyện có 10 phòng cấp cứu huyện và 09 nhà hộ sinh huyện.

Theo Báo cáo tình hình tổ chức và cán bộ ngày 15/11/1956 của Ty Y tế Cao Bằng thì năm 1956, Văn phòng Ty Y tế có 12 người, trong đó có 04 người trong biên chế làm nhiệm vụ các công việc thuộc công tác văn phòng (01 văn phòng, 01 văn thư – đánh máy, 01 kế toán, 01 liên lạc – cấp dưỡng). Thống kê danh sách cán bộ công nhân viên Ty Y tế Cao Bằng ngày 24/6/1957 của Ty Y tế Cao Bằng có 05 người làm công tác hành chính.
Đứng trước yêu cầu nhiệm vụ của ngành y tế ngày càng phát triển, ngày 04/8/1961, Bộ Y tế có Thông tư số 013-BYT/TT hướng dẫn thống nhất nhiệm vụ, tổ chức biên chế Văn phòng Ty Y tế để Ủy ban hành chính khu, thành, tỉnh, các Sở, Ty Y tế kịp thời chấn chỉnh tổ chức biên chế theo tinh thần mới, nhằm đáp ứng được yêu cầu tình hình và nhiệm vụ của ngành Y tế trong giai đoạn mới. Theo đó, lãnh đạo Ty Y tế có Trưởng ty và có thể có 1-2-3 Phó Trưởng ty giúp việc (tùy theo điều kiện công tác, diện tích, dân số, vị trí quan trọng…). Giúp việc Trưởng ty có các phòng: Phòng hành chính tổ chức và quản trị, Phòng nghiệp vụ, Phòng dược chính (trường hợp chưa đủ điều kiện tổ chức phòng thì tổ chức thành một bộ phận trực thuộc Trưởng ty). Phòng hành chính tổ chức và quản trị có nhiệm vụ giúp Ty trưởng (Trưởng ty): Quản lý, tổ chức biên chế và cán bộ của ngành ở địa phương; theo dõi, thực hiện các chính sách cán bộ trong ngành, làm công tác điều động, đề bạt, khen thưởng, kỷ luật, thống kê chất lượng cán bộ; làm công tác hành chính, quản trị và bảo vệ cơ quan; tổng hợp tình hình về kinh phí, lập dự quyết toán, quản lý tài sản, sự nghiệp y tế...Phòng hành chính tổ chức và quản trị do một trưởng phòng, nếu cần có thể có một phó phòng giúp việc (đối với các tỉnh lớn), về biên chế tỉnh lớn có từ 8 đến 10 cán bộ nhân viên; tỉnh nhỏ có từ 6 đến 8 cán bộ nhân viên (kể cả trưởng phó phòng)....Như vậy, Thông tư số 013-BYT/TT ngày 04/8/1961 của Bộ Y tế hướng dẫn thống nhất giúp việc Trưởng Ty Y tế có Phòng hành chính tổ chức và quản trị; Phòng hành chính tổ chức và quản trị có 02 chức năng, nhiệm vụ chính là tham mưu về công tác tổ chức và công tác hành chính, quản trị.

Thực hiện chủ trương cải tiến tổ chức, tinh giản bộ máy, giảm nhẹ biên chế các cơ quan Nhà nước của Đảng và Chính phủ, ngày 24/02/1964, Bộ Y tế và Bộ Nội vụ đã có Thông tư liên bộ số 04-TT-LB hướng dẫn cải tiến tổ chức cơ quan y tế địa phương với mục đích: “Xác định lại nhiệm vụ, chức trách của mỗi cơ quan, đơn vị cho rõ ràng rồi trên cơ sở đó mà sắp xếp tổ chức bộ máy được mạnh, gọn, phù hợp với nguyên tắc quản lý tập trung thống nhất và tập trung dân chủ, khắc phục tình trạng cồng kềnh, phân tán, nhiều cấp trung gian không cần thiết, ảnh hưởng tới việc phục vụ sức khỏe của nhân dân, phục vụ sản xuất” và để cải tiến lề lối làm việc, sắp xếp hợp lý đội ngũ cán bộ; nâng cao tinh thần trách nhiệm, ý thức tổ chức, kỷ luật của cán bộ, nhân viên y tế, bảo đảm hoàn thành tốt chương trình, kế hoạch công tác y tế địa phương đồng thời giảm nhẹ biên chế gián tiếp sản xuất và biên chế quản lý, phục vụ cơ quan. Theo quy định tại Thông tư liên bộ số 04-TT-LB ngày 24/02/1964 của Bộ Y tế và Bộ Nội vụ về tổ chức bộ máy, đối với các Sở, Ty Y tế loại lớn có: Phòng hành chính quản trị; Tổ tổ chức cán bộ; Tổ kế hoạch thống kê tổng hợp; Tổ quản lý dược. Còn các Ty Y tế loại trung bình và nhỏ: Tổ hành chính quản trị; Tổ tổ chức cán bộ; Tổ kế hoạch thống kê tổng hợp; Tổ quản lý dược. Quan hệ công tác và lề lối làm việc của các tổ công tác ở văn phòng Sở, Ty Y tế “chỉ là một hình thức làm việc, không phải là một cấp hành chính; tổ công tác hoạt động theo phương châm: đề cao tinh thần trách nhiệm cá nhân, kết hợp với tập thể để tương trợ nhau, động viên nhau thi đua bảo đảm hoàn thành tốt chương trình công tác của cơ quan. Mỗi tổ công tác có một tổ trưởng phụ trách, do thủ trưởng cơ quan chỉ định, tổ trưởng không có quyền quyết định công tác mà chỉ có trách nhiệm triệu tập sinh hoạt của tổ, bàn bạc với anh em trong tổ về kế hoạch thực hiện công tác của thủ trưởng giao cho mỗi người. Tuỳ theo khả năng, tổ trưởng có thể giúp đỡ anh em trong tổ về mặt chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ, chế độ, thể lệ”.

Trong công văn ngày 25/6/1964 của Ty Y tế Cao Bằng gửi Bộ Y tế báo cáo việc tổ chức bộ máy y tế theo Thông tư liên bộ số 04-TT-LB ngày 24/02/1964 của Bộ Y tế và Bộ Nội vụ thì tại Văn phòng Ty Y tế Cao Bằng từ khi được hình thành cho đến nay chưa có hình thức tổ chức gọi là phòng, chỉ thường gọi là bộ phận; để phù hợp với Thông tư liên bộ số 04-TT-LB ngày 24/02/1964 của Bộ Y tế và Bộ Nội vụ, tại Văn phòng Ty Y tế Cao Bằng có các tổ chức sau: Tổ hành chính quản trị; Tổ tổ chức cán bộ; Tổ kế hoạch thống kê tổng hợp và Tổ quản lý dược.

Đến năm 1966, Y tế Cao Bằng tiếp tục có nhiều bước phát triển mới cả về số lượng, chất lượng, cơ cấu tổ chức, ngoài Bệnh viện tỉnh, lúc này trong tổ chức bộ máy của Ty Y tế ở tỉnh đã có một số đơn vị được thành lập như: Trường Trung cấp y tế (thành lập 1961), Trạm Vệ sinh phòng dịch, Trạm Sốt rét, Trạm Chống lao và Trạm Bảo vệ bà mẹ trẻ em (thành lập trong năm 1964); tại các huyện và thị xã, ngoài phòng y tế đã có các bệnh viện huyện. Như vậy, khối lượng công việc để chỉ đạo, điều hành, đôn đốc, hướng dẫn, kiểm tra của Ty Y tế rất nhiều và rộng, nếu lúc này tại Văn phòng Ty Y tế chỉ có tổ công tác sẽ không còn phù hợp hoặc để lãnh đạo Ty trực tiếp chỉ đạo, phân công mọi công việc ở Văn phòng Ty Y tế thì sẽ không thể đáp ứng được yêu cầu nhiệm vụ của ngành.

Để đáp ứng cho yêu cầu công tác y tế trong giai đoạn này, ngày 14/12/1966, Ty Y tế Cao Bằng đã có văn bản số 170 TCCB/YT đề nghị Ủy ban hành chính tỉnh Cao Bằng thành lập Phòng hành chính và tổ chức. Trên cơ sở đề nghị của Ty Y tế, Ủy ban hành chính tỉnh Cao Bằng đã có Quyết định số 278/TCDC ngày 11/3/1967 thành lập Phòng hành chính và tổ chức trực thuộc Ty Y tế Cao Bằng, Quyết định nêu rõ chức năng và nhiệm vụ bộ máy tổ chức của Phòng hành chính và tổ chức do Ty Y tế xây dựng và trình Ủy ban hành chính tỉnh phê duyệt theo chế độ phân cấp quản lý hiện hành. Như vậy, khi này Phòng hành chính và tổ chức của Ty Y tế Cao Bằng có 02 nhiệm vụ chính là công tác tổ chức và công tác hành chính, quản trị. Trong tháng 10/1967, Ủy ban hành chính tỉnh Cao Bằng có quyết định cử ông Nông Văn Nguyên đang làm công tác kế toán tại Bệnh viện tỉnh vừa học xong Trường Chính trị Hoàng Văn Thụ lên đến nhận công tác tổ chức của Ty Y tế. Đến năm 1971, ông Nông Văn Nguyên được bổ nhiệm làm Phó Trưởng phòng Tổ chức. Tháng 8/1972, Ty Y tế đã cử ông Đàm Hương, nguyên Trưởng phòng Y tế huyện Trà Lĩnh (từ tháng 8/1962 – 7/1972) làm Trưởng phòng Hành chính của Ty Y tế.

Ngày 27 tháng 12 năm 1975, kỳ họp thứ hai Quốc hội khóa V đã thông qua Nghị quyết hợp nhất tỉnh Cao Bằng và tỉnh Lạng Sơn thành tỉnh Cao Lạng. Bước sang năm 1976, Ty Y tế Cao Bằng đã hợp nhất với Ty Y tế Lạng Sơn thành Ty Y tế Cao Lạng, theo đó các Phòng hành chính quản trị của Ty Y tế Cao Bằng đã hợp nhất với Phòng hành chính quản trị của Ty Y tế Lạng Sơn thành Phòng hành chính quản trị Ty Y tế Cao Lạng. Lúc này tỉnh lỵ Cao Lạng đặt tại Thị xã Cao Bằng và vẫn gữi nguyên Thị xã Lạng Sơn. Ông Đàm Hương tiếp tục được cử làm Trưởng phòng Phòng hành chính quản trị Ty Y tế Cao Lạng. Trong Thông tư số 42/BYT/TT ngày 06/11/1976 của Bộ Y tế hướng dẫn thực hiện Nghị quyết số 15-CP cải tiến hệ thống y tế địa phương và thi hành Nghị quyết của Bộ Chính trị giải thể cấp khu, hợp nhất quy định bộ máy giúp việc cho Sở, Ty Y tế có phòng hành chính quản trị gồm 02 tổ, tổ hành chính (hành chính, văn thư, đánh máy, rônêô, điện thoại, liên lạc, thường trực, phục vụ) và tổ quản trị (quản trị, tiếp liệu, lái xe, quản lý kiêm kế toán nhà ăn tập thể, cấp dưỡng...). Cán bộ trong phòng là cán sự hành chính, quản trị và các nhân viên.

Đứng trước yêu cầu tình hình mới, ngày 29/12/1978, Quốc hội đã thông qua Nghị quyết chia tỉnh Cao Lạng thành hai tỉnh Cao Bằng và Lạng Sơn theo địa giới hành chính như trước khi hợp nhất (tháng 12/1975), đồng thời tỉnh Cao Bằng sáp nhập thêm huyện Ngân Sơn và huyện Chợ Rã của tỉnh Bắc Thái (nay là Bắc Kạn). Bước vào đầu năm 1979, Ty Y tế Cao Bằng đã khẩn trương cùng Ty Y tế Lạng Sơn thống nhất chia tách, bàn giao tài sản, nhân sự để sớm ổn định tổ chức bộ máy. Cùng với việc Ty Y tế được tái lập, các phòng chức năng thuộc Ty và các trạm chuyên khoa cũng được tái lập trở lại, trong đó có Phòng Hành chính quản trị Ty Y tế. Ông Đàm Hương, Trưởng phòng Phòng hành chính quản trị Ty Y tế Cao Lạng tiếp tục làm Trưởng phòng Phòng hành chính quản trị Ty Y tế Cao Bằng đến tháng 7/1979 thì được bổ nhiệm là Trưởng trạm Vật tư, ông Nguyễn Tiến Vọng – cán bộ Phòng Tổ chức được cử làm Trưởng Phòng Hành chính quản trị của Ty Y tế Cao Bằng.

Ngày 15/10/1979, UBND tỉnh có Quyết định số 628/QĐ-UB về việc quy định hệ thống tổ chức, bộ máy ngành y tế tỉnh Cao Bằng; đây là Quyết định về tổ chức, bộ máy ngành y tế Cao Bằng sau khi được tái lập tỉnh và tiếp nhận thêm y tế huyện Ngân Sơn và huyện Chợ Rã của tỉnh Bắc Thái; trong Quyết định này đã quy định trong các phòng nghiệp vụ của Ty Y tế Cao Bằng có Phòng Hành chính quản trị.

Nhằm đáp ứng được yêu cầu bảo vệ Tổ quốc trong tình hình mới,ngày 14/11/1979, Hội đồng Chính phủ có Chỉ thị số 407-CP về việc chấn chỉnh tổ chức bộ máy các tỉnh Biên giới phía Bắc, trong Chỉ thị đã quy định hợp nhất ty y tế với ty thể dục thể thao thành sở y tế thể dục thể thao. Thực hiện Chỉ thị số 407-CP ngày 14/11/1979 của Hội đồng Chính phủ, ngày 29/3/1980, Ban Thường vụ Tỉnh ủy Cao Bằng đã có Nghị quyết số 40/NQ/TC/CB về việc hợp nhất và thành lập một số ty, ban, ngành của tỉnh, trong đó Ty Y tế Cao Bằng hợp nhất với Ty Thể dục thể thao Cao Bằng thành Sở Y tế Thể dục thể thao Cao Bằng. Căn cứ Nghị quyết số 40/NQ/TC/CB ngày 29/3/1980 của Ban Thường vụ Tỉnh ủy, UBND tỉnh đã có Quyết định số 267 UB/QĐ-TC ngày 15/4/1980 hợp nhất Ty Y tế Cao Bằng hợp nhất với Ty Thể dục thể thao Cao Bằng thành Sở Y tế Thể dục thể thao Cao Bằng (Sở Y tế TDTT). Bộ máy giúp việc cho Sở Y tế Thể dục thể thao gồm 7 phòng, trong đó có Phòng Hành chính quản trị. Trưởng Phòng Hành chính quản trị của Sở Y tế Thể dục thể thao Cao Bằng khi này là ông Nguyễn Tiến Vọng – nguyên Trưởng Phòng Hành chính quản trị Ty Y tế Cao Bằng.

Sổ theo dõi điện báo năm 1979 của Phòng Hành chính quản trị Ty Y tế Cao Bằng

Ngày 20/11/1980, Bộ Chính trị số có Nghị quyết 32-NQ/TW về công tác tổ chức; Nghị quyết 32-NQ/TW chỉ rõ: “Bên cạnh kết quả đã đạt được, công tác tổ chức có nhiều mặt rất trì trệ, không đáp ứng được những yêu cầu mới, nhất là về lãnh đạo và quản lý kinh tế, quản lý xã hội”, Nghị quyết 32-NQ/TW yêu cầu: “Kiện toàn các Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố và các cơ quan chuyên môn về chất lượng, đáp ứng cả 2 yêu cầu: đối với quản lý kinh tế địa phương và đối với quản lý kinh tế trung ương trên lãnh thổ”. Sau đó, Hội đồng Bộ trưởng có Nghị quyết số 16-HĐBT ngày 08/02/1982 về tinh giản biên chế hành chính.

Thực hiện Nghị quyết 32-NQ/TW ngày 20/11/1980 của Bộ Chính trị và Nghị quyết số 16-HĐBT ngày 08/02/1982 của Hội đồng Bộ trưởng, Sở Y tế TDTT có văn bản số 148/YT-TC ngày 15/8/1982 về Đề án kiện toàn tổ chức và tinh giảm biên chế, trong đó đã đánh giá những mặt đạt được từ khi thành lập Sở Y tế TDTT theo Quyết định số 267 UB/QĐ-TC ngày 15/4/1980 như luôn nắm vững 5 quan điểm của Đảng về y tế, vận dụng 5 quan điểm của Đảng để đề ra 5 mục tiêu của ngành, tuy nhiên, hoạt động chỉ đạo, quản lý, điều hành của Sở Y tế TDTT cũng có tồn tại, hạn chế, đó là: “việc triển khai chỉ đạo thực hiện 5 dứt điểm còn nghèo nàn về phương pháp và thiếu tập trung chỉ đạo điểm” và “việc sát nhập 2 đơn vị y tế thể dục thể thao cho đến nay chỉ hoàn toàn trên quyết định, còn vấn đề phối hợp hành động có tác dụng hỗ trợ cho nhau hầu như không có gì, mà mọi hoạt động thì vẫn trong tình trạng việc bên nào bên ấy làm”. Do đó, Sở Y tế TDTT đề xuất “với cơ cầu tổ chức bộ máy hiện nay cơ bản không có gì thay đổi nhưng thấy cần thiết phải bố trí, xắp xếp lại để phát huy được tác dụng tốt nhất của mỗi đơn vị công tác”, cụ thể đề nghị tách Sở Y tế TDTT thành Sở Y tế và Sở Thể dục thể thao; trong các phòng tham mưu làm chức năng quản lý Nhà nước của Sở Y tế có Phòng Hành chính quản trị và đề nghị Phòng Hành chính quản trị có 12 biên chế (văn thư đánh máy 01, điện thoại thường trực 01, thủ quỹ 01, kiến thiết cơ bản 01, lái xe 03, kế toán 012, cấp dưỡng 01, tiếp liệu 01, quản lý 01 và tạp vụ 01). Ngày 20/10/1982 UBND tỉnh có Quyết định số 658 UB/QĐ-TC ngày 20/10/1982 tách Sở Y tế thể dục thể thao thành Sở Y tế tỉnh Cao Bằng và Sở Thể dục thể thao tỉnh Cao Bằng. Khi này Phòng Hành chính Quản trị của Sở Y tế Cao Bằng do ông Nguyễn Tiến Vọng làm Trưởng phòng

Ngày 30/9/1985, Ban Bí thư ban hành Chỉ thị số 75-CT/TW một số vấn đề trước mắt về công tác tư tưởng và công tác tổ chức để bảo đảm thi hành Nghị quyết 8 của Trung ương, Chỉ thị số 75-CT/TW yêu cầu: “Theo tinh thần Nghị quyết 8 và Nghị quyết 28 của Bộ Chính trị, và trong phạm vi trách nhiệm, quyền hạn và khả năng cụ thể của mình, mỗi cấp uỷ đảng, mỗi cơ quan, đơn vị cần chủ động xác định lại chức năng, nhiệm vụ, phương pháp công tác, trên cơ sở ấy, chấn chỉnh lại tổ chức bộ máy và biên chế cho hợp lý hơn”. Thực hiện Chỉ thị số 75-CT/TW của Ban Bí thư, sự chỉ đạo của Tỉnh ủy và UBND tỉnh, trong năm 1986, Sở Y tế đã tiến hành sắp xếp lại tổ chức bộ máy theo hướng gọn nhẹ, đảm bảo giải quyết công việc kịp thời, hiệu quả. Ngày 10/01/1987, UBND tỉnh đã có Quyết định số 56/UB/QĐ/TC phê duyệt Đề án chấn chỉnh tổ chức bộ máy của Sở Y tế Cao Bằng; theo đó, bộ máy giúp việc Giám đốc Sở Y tế có Phòng Hành chính quản trị và có 07 biên chế: 01 trưởng phòng phu trách chung, 01 kế toán, 01 văn thư kiêm lưu trữ và thủ kho, 01 thủ quỹ kiêm y tế cơ quan và mua hàng, 01 đánh máy và 02 lái xe.

Thực hiện Nghị quyết số 34-NQ/TW ngày 22/7/1986 của Bộ Chính trị (khoá V) về kiện toàn tổ chức, nâng cao hiệu lực của bộ máy, đáp ứng yêu cầu của nhiệm vụ kinh tế, xã hội và Nghị quyết Đại hội toàn quốc lần thứ VI của Đảng về đổi mới công tác tổ chức, chấn chỉnh tổ chức tinh giản biên chế trong bộ máy của Đảng, bộ máy quản lý Nhà nước, bộ máy các đoàn thể, ngày 29/12/1987, Hội đồng Bộ trưởng đã ban hành Quyết định số 227-HĐBT về việc sắp xếp lại tổ chức, tinh giản biên chế các cơ quan hành chính sự nghiệp, Quyết định số 227-HĐBT yêu cầu: “Các Bộ, Uỷ ban Nhà nước, các cơ quan khác thuộc Hội đồng Bộ trưởng và Uỷ ban Nhân dân các tỉnh, thành phố, đặc khu trực thuộc Trung ương căn cứ vào các chủ trương biện pháp đề ra trong Thông tri số 11 ngày 19-8-1987, kế hoạch 75 ngày 12-9-1987 của Ban Bí thư và các kết luận trong phiên họp ngày 20-11-1987 của Ban Bí thư và Thường vụ Hội đồng Bộ trưởng (thông báo số 46-TBTW ngày 12-12-1987) để tiến hành việc sắp xếp lại tổ chức, bộ máy, biên chế của từng ngành, cơ quan, đơn vị cho gọn, nhẹ, hợp lý, đúng với chức năng nhiệm vụ, trình cấp có thẩm quyền xét duyệt trong thời hạn chậm nhất là hết quý I năm 1988”. Thực hiện chủ trương của Đảng và Nhà nước, các tỉnh, thành phố đã khẩn trương triển khai sắp xếp lại tổ chức bộ máy; ngày 19/4/1988, Bộ Y tế có Công văn số 1497/TC hướng dẫn sắp xếp lại tổ chức bộ máy y tế địa phương, Công văn này nêu rõ: “Việc sắp xếp tổ chức bộ máy y tế địa phương phải gắn với việc đổi mới cơ chế quản lý, đổi mới phong cách phục vụ và phong cách làm việc; nâng cao được hiệu quả quản lý, hiệu quả phục vụ và hiệu quả sản xuất, kinh doanh; bảo đảm thực hiện tốt 2 nhiệm vụ trọng tâm của ngành là: đẩy mạnh công tác chăm sóc sức khỏe ban đầu và nâng cao chất lượng hoạt động của các cơ sở y tế”. Bộ Y tế đưa ra định hướng sắp xếp tổ chức bộ máy ở tuyến tỉnh đối với Sở Y tế là nên giảm bớt các phòng, ban, biên chế gián tiếp và có thể lồng ghép lại một số phòng. Ngày 19/8/1988, UBND tỉnh đã có Quyết định số 720 UB/QĐ-TC về việc sắp xếp lại bộ máy, biên chế về quản lý Nhà nước của Sở Y tế Cao Bằng. Quyết định số 720 UB/QĐ-TC quy định lãnh đạo Sở Y tế có Giám đốc Sở và 02 Phó Giám đốc Sở ; bộ máy giúp việc cho Giám đốc Sở Y tế có; Phòng Tổ chức cán bộ, Phòng Kế hoạch – Tài chính, Phòng Nghiệp vụ (gồm Nghiệp vụ y và Nghiệp vụ Dược), Phòng Hành chính quản trị; Phòng Hành chính quản trị có 06 biên chế: 01 trưởng phòng phu trách chung, 01 kế toán, 01 văn thư kiêm lưu trữ, 01 thủ quỹ kiêm và thủ kho, 01 đánh máy và 01 lái xe.

Ngày 20/6/1996, Chính phủ đã ban hành Nghị quyết số 37/CP về định hướng chiến lược công tác chăm sóc và bảo vệ sức khoẻ nhân dân trong thời gian 1996-2000 và chính sách quốc gia về thuốc của Việt Nam (Nghị quyết số 37/CP ngày 20/6/1996). Nghị quyết đã chỉ ra những tồn tại thách thức của hệ thống y tế khi này là: “Hệ thống tổ chức và đào tạo cán bộ y tế chậm được đổi mới phù hợp với cơ chế mới. Tổ chức y tế địa phương tuy đã được sắp xếp lại một bước nhưng còn nhiều vấn đề chưa được giải quyết tốt, như tổ chức và hoạt động của các trung tâm y tế huyện, các trạm y tế cơ sở, các trung tâm thuộc sở y tế, tổ chức và quản lý các cơ sở y tế trên địa bàn lãnh thổ”. Trên cơ sở đó, ngày 03/01/1998, Chính phủ đã có Nghị định số 01/1998/NĐ-CP về hệ thông tổ chức y tế địa phương. Thi hành Nghị định số 01/1998/NĐ-CP, Bộ Y tê và Ban Tổ chức cán bộ Chính phủ (nay là Bộ Nội vụ) đã có Thông tư liên tịch số 02/1998/TTLT-BYT-BTCCBCP ngày 27/6/1998 quy định về hệ thống tổ chức y tế địa phương, trong đó nêu rõ Sở Y tế là cơ quan chuyên môn thuộc Uỷ ban nhân dân tỉnh, giúp Uỷ ban nhân dân thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về công tác y tế trên địa bàn. Sở Y tế chịu sự quản lý toàn diện của Uỷ ban nhân dân tỉnh, đồng thời chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn về chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ của Bộ Y tế. Trong các phòng chức năng giúp việc Giám đốc Sở Y tế có phòng hành chính quản trị.

Sau đó Bộ Y tế có Quyết định số 2258/2000/QĐ-BYT ban hành "Quy định chức năng, nhiệm vụ của Phòng Hành chính- Quản trị thuộc Sở Y tế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương". Quy định nêu rõ: “Phòng Hành chính- Quản trị thuộc Sở Y tế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương (sau đây gọi chung là tỉnh) có chức năng tham mưu cho Giám đốc Sở Y tế trong việc thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về công tác văn thư, lưu trữ đối với các đơn vị y tế trực thuộc Sở và chịu trách nhiệm đảm bảo công tác hành chính, nội vụ cho Văn phòng Sở”. Phòng Hành chính- Quản trị chịu sự quản lý và chỉ đạo trực tiếp của Giám đốc Sở Y tế, chịu sự chỉ đạo về chuyên môn nghiệp vụ văn thư, lưu trữ của Văn phòng Ủy ban nhân dân tỉnh và Văn phòng Bộ Y tế; Phòng Hành chính- Quản trị có mối quan hệ phối hợp với các phòng nghiệp vụ, các đơn vị trực thuộc Sở Y tế và các cơ quan chức năng trên địa bàn tỉnh; Phòng Hành chính- Quản trị chịu trách nhiệm chỉ đạo nghiệp vụ công tác văn thư, lưu trữ đối với các đơn vị trực thuộc Sở Y tế.

Ngày 29/9/2004 Chính phủ có Nghị định số 171/2004/NĐ-CP quy định tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc Uỷ ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; trên cơ sở đó Bộ Y tế và Bộ Nội có Thông tư liên tịch số 11/2005/TTLT-BYT-BNV ngày 12/4/2005 hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của cơ quan chuyên môn giúp Uỷ ban nhân dân thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về y tế ở địa phương. Thông tư liên tịch này quy định tổ chức của Sở Y tế có Văn phòng Sở Y tế và Giám đốc sở Y tế quy định nhiệm vụ, quyền hạn của Văn phòng. Thực hiện Nghị định số 171/2004/NĐ-CP và Thông tư liên tịch số 11/2005/TTLT-BYT-BNV, Sở Y tế Cao Bằng đã có Quyết định số 1282/YT-QĐ-TC ngày 16/9/2005 về việc thành lập Văn phòng Sở Y tế Cao Bằng, đánh dấu một bước trưởng thành và phát triển mới của công tác văn phòng tại Sở Y tế Cao Bằng.

Ngày 04/02/2008 Chính phủ đã có Nghị định số 13/2008/NĐ-CP quy định tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc Uỷ ban nhân dân tỉnh (thay thế Nghị định số 171/2004/NĐ-CP). Sau đó, Bộ Y tế và Bộ Nội vụ đã ban hành Thông tư liên tịch số 03/2008/TTLT-BYT-BNV ngày 25/4/2008 hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức củaSở Y tế, trong đóquy định trong tổ chức của Sở Y tế có Văn phòng Sở Y tế và Giám đốc sở Y tế quy định nhiệm vụ, quyền hạn của Văn phòng Sở. Thực hiện Nghị định số 13/2008/NĐ-CP và Thông tư liên tịch số 03/2008/TTLT-BYT-BNV, ngày 26/8/2011, UBND tỉnh Cao Bằng đã có Quyết định số 1840/QĐ-UBND về việc phê duyệt Đề án chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức và biên chế của Sở Y tế Cao Bằng và trong cơ cấu tổ chức các phòng chuyên môn, nghiệp vụ của Sở Y tế có Văn phòng Sở. Đề án nêu rõ Văn phòng Sở có chức năng tham mưu cho Giám đốc Sở Y tế tổng hợp, điều phối các hoạt động của các tỏ chức, đơn vị trực thuộc Sở Y tế theo chương trình, kế hoạch công tác của lãnh đạo Sở Y tế. Thực hiện công tác hành chính, văn thư, lưu trữ, quản trị, hậu cần, công nghệ thông tin trong cơ quan Sở Y tế và một số công tác khác do lãnh đạo Sở Y tế phân công. Biên chế của Văn phòng Sở có 06 biên chế và 05 hợp đồng theo Nghị định số 68/2000/NĐ-CP, gồm Chánh Văn phòng, Phó Chánh Văn phòng, chuyên viên công nghệ thông tin, chuyên viên văn thư, thủ quỹ cơ quan và các lái xe, nhân viên phục vụ, nhân viên bảo vệ hợp đồng theo Nghị định số 68/2000/NĐ-CP.

Từ tiền thân ban đầu là những người làm nhiêm vụ công tác văn phòng (văn thư – đánh máy, hành chính, liên lạc, phục vụ...) thuộc Văn phòng Ty Y tế, sau đó là Tổ hành chính quản trị, Phòng Hành chính quản trị thuộc Ty Y tế đến Văn phòng Sở thuộc Sở Y tế ngày nay, để đáp ứng kịp thời với yêu cầu phát triển và lớn mạnh không ngừng của ngành y tế cũng như sự phát triển của xã hội, trong mỗi giai đoạn, thời kỳ khác nhau những người làm công tác văn phòng thuộc Văn phòng Ty Y tế đến Tổ hành chính quản trị, Phòng Hành chính quản trị thuộc Ty Y tế rồi Văn phòng Sở thuộc Sở Y tế đều nỗ lực cố gắng, khắc phục mọi khó khăn thiếu thốn, hoàn thành nhiệm vụ được giao, đảm bảo thực hiện tốt công tác hành chính quản trị để phục vụ cho hoạt động của Ty Y tế trước đây cũng như Sở Y tế ngày nay; các thế hệ những người làm công tác văn phòng luôn nêu cao ý thức trách nhiệm chăm lo xây dựng, củng cố, phát triển công tác văn phòng trong ngành y tế.

Bước vào thời kỳ đổi mới và hội nhập, là một tổ chức thực hiện chức năng tham mưu, tổng hợp chương trình, kế hoạch công tác và phục vụ các hoạt động của Sở Y tế, kiểm soát thủ tục hành chính, công tác văn thư, lưu trữ, công nghệ thông tin; giúp Giám đốc Sở Y tế tổng hợp, theo dõi, đôn đốc các tổ chức thuộc Sở và các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở thực hiện chương trình, kế hoạch công tác đã được phê duyệt ...Văn phòng Sở Y tế ngày càng hoàn thiện về mọi mặt, với đội ngũ 11 biên chế (kể cả hợp đồng theo Nghị định số 68/2000/NĐ-CP) gồm: Chánh Văn phòng, 01 Phó Chánh Văn phòng, 01 chuyên viên công nghệ thông tin, 01 cán sự văn thư, 01 kế toán Văn phòng, 01 thủ quỹ, 04 lái xe và 01 bảo vệ; các công chức và người lao động của Văn phòng Sở Y tế tiếp tục không ngừng nâng cao đạo đức nghề nghiệp, trình độ chuyên môn, kiến thức và kỹ năng quản lý, giao tiếp để công tác hành chính quản trị kịp thời đáp ứng với yêu cầu đặt ra; nhất là một số nhiệm vụ trọng tâm trong thời gian tới như đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin, đảm bảo hệ thống máy tính tại Sở Y tế hoạt động ổn định, an toàn, phục vụ tốt việc quản lý văn bản qua hệ mạng, duy trì trì trang thông tin điện tử để kịp thời cung cấp thông tin, phản ánh về hoạt động của ngành y tế, đảm bảo phương tiện đón đưa lãnh đạo và công chức các phòng chuyên môn Sở Y tế đi công tác an toàn, chu đáo...
Lãnh đạo qua các thời kỳ từ khi Phòng Hành chính quản trị (HCQT) được thành lập đến Văn phòng Sở Y tế hiện nay là:
Ông Đàm Hương – Trưởng phòng HCQT Ty Y tế Cao Bằng: 1972 – 1975.
Ông Đàm Hương – Trưởng phòng HCQT Ty Y tế Cao Lạng: 1976 – 1978.
Ông Đàm Hương – Trưởng phòng HCQT Ty Y tế Cao Bằng: tháng 1/1979 – 7/1979.
Ông Nguyễn Tiến Vọng – Trưởng phòng HCQT Ty Y tế Cao Bằng: tháng 8/1979 – 5/1980.
Ông Nguyễn Tiến Vọng – Trưởng phòng HCQT Sở Y tế Thể dục thể thao: tháng 6/1980 – 10/1982.
Ông Nguyễn Tiến Vọng – Trưởng phòng HCQT Sở Y tế: tháng 11/1982 - 1985.
Ông Ngọc Bằng – Trưởng phòng HCQT Sở Y tế: tháng 3/1986 – 7/ 1988.
Bà Sầm Thị Lơ – Trưởng phòng HCQT Sở Y tế: tháng 8/1986 – 6/1990.
Ông Lê Xuân Nghiêm – Trưởng phòng HCQT Sở Y tế: tháng 12/1990 – 15/9/2005.
Ông Lê Xuân Nghiêm – Chánh Văn phòng Sở Y tế: từ 16/9/2005 – 10/2005.
Ông Đàm Trung Cao – Chánh Văn phòng Sở Y tế: tháng 10/2005 – 01/2008.
Bà Hoàng Thị Phượng – Phụ trách Văn phòng Sở Y tế: tháng 01/2008 – 6/2010.
Bà Hoàng Thị Phượng – Phó Chánh Văn phòng phụ trách Văn phòng Sở Y tế: tháng 7/2010 – 02/2012.
Ông Hoàng Quang Ngọc – Chánh Văn phòng Sở Y tế: tháng 3/2012 đến nay.
Bà Hoàng Thị Phượng – Phó Chánh Văn Sở Y tế: tháng 3/2012 đến nay.