Hiện nay hệ thống khám, chữa bênh trên địa bàn tỉnh Cao Bằng gồm có: 03 Bệnh viện và 03 Trung tâm chuyên khoa tuyến tỉnh đó là BVĐK tỉnh; BVYHCT tỉnh; BVĐK Tĩnh Túc; Trung tâm chăm sóc sức khỏe sinh sản, Trung tâm Nội tiết, Trung tâm phòng chống bệnh xã hội và 13 BVĐK huyện, thành phố; 20 phòng khám Đa khoa khu vực và 199 Trạm Y tế xã, phường, thị trấn; 89 cơ sở hành nghề khám chữa bệnh tư nhân.

Trong những năm gần đây các cơ sở khám chữa bệnh hầu hết đều hoàn thành các chỉ tiêu được giao, số lần khám bệnh bình quân ≥ 2 lần/ người dân/ năm, công suất sử dụng giường bệnh đạt >90%. Chất lượng khám, chữa bệnh từng bước được nâng cao. Các bệnh nguy hiểm như: tiêu chảy cấp, cúm A(H5N1), cúm A(H1N1) ở người, sốt xuất huyết, bệnh tay - chân - miệng… được tổ chức cách ly, điều trị kịp thời không để xảy ra tử vong, góp phần khống chế dịch bệnh. Các đơn vị đã triển khai một số kỹ thuật cao trong khám, chữa bệnh như: mổ nội soi, laze nội mạch, chụp cắt lớp, nắn chỉnh xương, mổ chấn thương sọ não, nạo vét hạch ung thư, mổ phaco lạnh... Công tác xã hội hóa y tế tại các bệnh viện bước đầu phát triển tốt với các hình thức liên doanh, liên kết, góp vốn, đầu tư trang thiết bị kỹ thuật cao để thực hiện các kỹ thuật của tuyến trên.

Thời gian qua, các bệnh viện tuyến tỉnh, huyện đã được đầu tư nâng cấp về cơ sở vật chất và trang thiết bị y tế từ nguồn vốn trái phiếu chính phủ, ngân sách địa phương, chương trình mục tiêu y tế quốc gia và sự hỗ trợ của một số dự án như: Dự án hỗ trợ y tế các tỉnh miền núi phía bắc đã đầu tư kinh phí cải tạo, nâng cấp nhà kỹ thuật Bệnh viện đa khoa Bảo Lâm, Trà Lĩnh và xây mới nhà điều trị nội trú cho các khoa của Bệnh viện đa khoa Hòa An, Quảng Uyên; trang bị 14 xe ô tô cứu thương và cung cấp 25 loại trang thiết bị y tế cho 13 Bệnh viện đa khoa huyện, thành phố và Bệnh viện đa khoa Tĩnh túc. Các trang thiết bị cung cấp cơ bản đã đáp ứng được công tác khám bệnh, chữa bệnh tại đơn vị.

Cùng với sự phát triển hệ thống cơ sở vật chất ngành đã trú trọng nâng cao chất lượng nguồn nhân lực tại các cơ sở khám, chữa bệnh, các Trạm Y tế được bố trí đủ nguồn nhân lực cả về số lượng, cơ cấu chuyên môn. Cán bộ làm công tác khám chữa bệnh ở tuyến tỉnh và tuyến huyện hầu hết đã được đào tạo chuyên khoa sau đại học và thường xuyên được cập nhật kiến thức qua các đợt tập huấn tại tuyến tỉnh, tuyến Trung ương, cùng với sự hỗ trợ theo Đề án 1816 của Bộ Y tế các cán bộ tuyến tỉnh được cán bộ tuyến trung ương đến tăng cường theo hình thức cầm tay chỉ việc, cán bộ tuyến tỉnh đến tuyến huyện và tuyến huyện đến tuyến xã.

Bên cạnh những kết quả đạt được, công tác y tế trên địa bàn tỉnh Cao Bằng nói chung còn nhiều hạn chế. Các cơ sở khám chữa bệnh mới thực hiện được khoảng 80% danh mục kỹ thuật theo từng tuyến. Việc triển khai quy hoạch hệ thống cơ sở khám, chữa bệnh chưa đảm bảo tiến độ. Chất lượng khám, chữa bệnh, nhất là ở tuyến cơ sở còn hạn chế, đội ngũ cán bộ y tế còn thiếu về số lượng và hạn chế về chất lượng, cơ cấu chưa hợp lý, đặc biệt tỷ lệ bác sỹ, dược sỹ đại học còn thấp.
Đối chiếu với quy định và mục tiêu của Bộ Y tế thì nhân lực y tế của tỉnh ta thiếu ở tất cả các tuyến, nhất là bác sĩ và dược sĩ đại học. Sự phân bố bác sĩ và dược sĩ đại học ở các tuyến không đồng đều, tập trung chủ yếu ở tuyến tỉnh, vì nhiều bác sỹ mới ra trường không muốn về công tác tại tuyến huyện, và về các chuyên khoa như: Lây, Lao, Tâm thần.

Với mục tiêu bảo đảm cho mọi người dân được hưởng các dịch vụ chăm sóc sức khỏe ban đầu, mở rộng tiếp cận và sử dụng các dịch vụ y tế có chất lượng, giảm tỷ lệ mắc bệnh, nâng cao thể lực, tăng tuổi thọ và cải thiện chất lượng dân số. Trong thời gian tới ngành Y tế tiếp tục huy động các nguồn vốn từ các dự án hỗ trợ, phối hợp với UBND các huyện và các ngành tập trung xây dựng, cải tạo các Trạm Y tế, trước mắt Dự án hỗ trợ chính sách khám, chữa bệnh cho người nghèo do Luxcemboug tài trợ sẽ xây 06 Trạm Y tế cho 03 huyện gồm: Nguyên Bình, Hà Quảng, Trùng Khánh. Tăng cường công tác đào tạo cán bộ, đa dạng hóa các loại hình đào tạo: đào tạo nâng cao, bồi dưỡng kiến thức, đào tạo tại chỗ... nhằm từng bước nâng cao trình độ chuyên môn cho cán bộ các tuyến có đủ khả năng thực hiện công tác chăm sóc sức khoẻ nhân dân trên địa bàn. nhằm nâng cao hiệu quả chăm sóc sức khỏe cho nhân dân.